运输船是实现跨区域部队调动的核心载具，但并非所有兵种均可搭载。陆军部队中，步兵、摩托化步兵、轻型坦克等常规地面单位均可通过运输船进行转移，而炮兵类单位因体积和功能限制通常无法登船。空军基地生产的运输机可搭载轻型陆军，但装甲车等重型装备需依赖海军运输船实现远距离投送。海军陆战队作为特殊兵种，在特定条件下可直接从运输船发起两栖登陆作战。
运输船的操作流程需严格遵循游戏机制。选择目标部队后点击港口或运输船，系统将自动检测可装载单位并显示载重剩余量。每艘运输船有明确的载重上限，超载会导致航行速度下降且易受攻击。装载时应优先安排高机动单位以提升战术灵活性，同时避免将反坦克炮等防御型兵种置于船舱外侧。运输过程中需实时关注航线安全，建议提前规划避开敌方海军巡逻区域。
海军运输船与空军运输机存在功能差异。运输船可承载包括坦克在内的重型装备，但航速较慢且依赖港口设施；运输机仅能运送轻装步兵，但具备无视地形障碍的快速投送能力。两种运输方式可配合使用，例如先用运输船将装甲部队送至前沿岛屿，再通过运输机空降步兵占领关键据点。需注意飞行部队运输需消耗燃油资源，而海运仅需基础燃料维护。
到达目标港口后，需手动选择卸货顺序，建议优先释放侦察单位探查周边敌情，再逐步卸载主力部队。若在非港口区域强行登陆，部分重型装备会因缺乏码头设施导致卸载时间延长。特殊情况下可利用两栖突击策略缩短登陆耗时，但会额外消耗策略点数。运输船返航时建议携带资源以提升后勤利用率。
掌握运输规则能显著提升战略主动性。游戏中后期研发的快速卸载科技可缩短50%卸货时间，而装甲运输船科技则能提升30%载重容量。多兵种协同运输时需注意陆军与海军移动速度差异，避免因脱节遭敌方逐个击破。在军团作战中，运输船常被用于集中调配盟军精锐部队，因此护航舰队的配置与航线隐蔽性需重点考量。
