阵容搭配的核心在于平衡输出、防御、控制和辅助角色。一个完整的阵容通常由五个角色组成，分别承担不同的战斗职责。输出型角色负责主要伤害，防御型角色承受攻击，控制型角色限制敌人行动，辅助型角色提供增益或治疗。忍者之间的羁绊关系能大幅提升整体战斗力，因此在搭配时应优先考虑激活羁绊效果。
根据忍者属性进行搭配是构建阵容的基础，近战与远程的平衡以及控制与输出的配合至关重要。鸣人作为近战输出核心，搭配佐助的远程攻击和控制技能，能形成攻守兼备的组合。木叶三忍的羁绊关系可提升全队攻击力和生命值，因此将自来也、纲手和大蛇丸同时上阵是不错的选择。资源有限时，应优先培养核心输出或防御角色，再逐步完善其他位置。
对于平民玩家，推荐使用漩涡鸣人、雏田、自来也、宇智波佐助和春野樱的阵容。这套组合获取难度较低，但实战表现优秀，尤其在前期推图中效果显著。若追求更高强度，可尝试六道鸣人、六道佐助、辉夜姬、六道仙人和夜凯的组合，不过这些角色获取难度较大，需要长期积累资源。忍者级别仅代表获取难度而非绝对强度，通过合理搭配和实战练习，平民阵容也能发挥出色表现。
PVE模式侧重输出和控制能力，推荐使用高爆发角色如宇智波鼬搭配强控型角色我爱罗。PVP模式则更注重灵活性和操作技巧，需加入更多辅助型角色应对多变战局。特殊玩法如冠军赛要求准备三队不重复的忍者，需均衡分配各队伍的强度，确保每队都具备独立作战能力。
土主和雷主是目前版本中较为强势的主角选择。土主适合搭配爆刀DDL怪兽队或初代小金人五代队，在组织战和仙界刷分中表现突出。雷主则擅长高连击阵容，配合卡卡西、宁次等忍者能打出爆发伤害。无论选择哪种流派，都需根据自身操作习惯和忍者储备来决定，没有绝对的最强阵容，只有最适合的搭配方案。
随着游戏版本更新和新忍者加入，主流阵容也会发生变化。建议玩家多关注排行榜中高玩们的搭配思路，同时结合自身实际情况进行调整。通过不断尝试和优化，每位玩家都能找到属于自己的最强阵容组合。
