少年三国志2中神兽系统的开启等级为60级，等级达标后无需完成额外前置任务，主界面会自动解锁“神兽”入口，同时同步开启神兽秘境玩法。
60级解锁神兽系统后，玩家会直接获得紫色品质的巨猿作为初始神兽，快速上手基础养成机制。神兽养成核心围绕合成、升级、升星展开，升级消耗兽元提升基础属性，升星则需要同名神兽碎片，星级越高技能效果越强。神兽图鉴会随获取进度自动激活，激活后为全体上阵武将提供永久属性加成，是提升阵容战力的关键途径。神兽商店可使用兽魂兑换神兽碎片、养成材料等资源，兽魂主要通过神兽秘境、日常任务和活动获取。
与神兽系统同步开启的神兽秘境玩法，入口在主界面“征战”板块内，是获取神兽核心资源的主要渠道。秘境中分布多个关卡，玩家可在长云仙人处领取任务，挑战小怪与秘境守将，首次通关可获得神兽碎片、元宝、兽魂等奖励，重复挑战也能稳定获取养成材料。秘境每日可挑战一次，关卡难度逐步提升，通关更高难度关卡能解锁更稀有奖励，助力神兽快速养成。
神兽上阵数量随等级逐步解锁，60级可上阵1只，70级解锁第2只，80级可上阵3只，多神兽搭配能最大化阵容战力。神兽按品质分为紫、橙、红、金、紫金，品质越高属性与技能越强，紫金神兽还可开启灵契养成，消耗灵骨、灵珠点亮节点，获得全体属性加成并强化灵契技能。不同神兽定位不同，攻击型如机关鸟适合灼烧阵容，防御型如铜甲龟侧重团队减伤，辅助型如神木青鸾主打治疗续航，需根据阵容特性选择搭配。
